Из-за санкций против России оборот контейнеров в портах Балтики упал в десять раз, но «Трансконтейнеру» удалось нарастить мощности терминала на границе с КНР, создав с китайцами совместное предприятие, и увеличить объемы перевалки в порту Находки. В 2022 году Шишкарев открыл продюсерскую компанию, занялся виноделием и объявил о планах запуска грузовых паромов в Турцию. В июле 2022 года Путин наградил Шишкарева орденом Почета за заслуги в популяризации спорта: бизнесмен возглавляет федерацию гандбола. У бизнесмена есть вилла на Кипре , по данным местных СМИ × , которая, ввиду отсутствия международных санкций  — ограничения против Шишкарева ввела только Украина × , не арестована.

В публичных заявлениях или действиях, осуждающих агрессию против Украины, не замечен.

Компания «Трансконтейнер» оказывала транспортно-экспедиционные услуги как минимум двум войсковым частям, а также Росгвардии, сотрудники которой принимают участие в боевых действиях. Среди других клиентов компании — производитель танков «Уралвагонзавод», производители спутников двойного и военного назначения «Решётнев» и «РКЦ Прогресс», а также поставщик индивидуальных средств химзащиты и регенераторов воздуха для бункеров и подобных закрытых помещений «Корпорация Росхимзащита». Какую именно продукцию перевозил «Трансконтейнер», достоверно не известно.