Был на встрече с Путиным в Кремле в день начала вторжения России в Украину. А через несколько дней совет директоров «Лукойла» выразил «озабоченность по поводу продолжающихся трагических событий на Украине и глубочайшее сочувствие всем, кого коснулась эта трагедия», призвал прекратить «спецоперацию» в Украине и перейти к переговорам — такой пресс-релиз был опубликован на сайте компании в начале марта 2022 года. В апреле 2022 года Алекперов ушел с поста президента «Лукойла» из-за персональных санкций Великобритании. В мае того же года Путин наградил Алекперова орденом «За заслуги перед Отечеством» I степени. Еще с довоенных времен владел винодельческим хозяйством в Крыму, в 2016 году расширил свои виноградники, выкупив часть земель «Массандры». Яхты Алекперова в 2022 году были замечены одна — в Черногории, вторая — в порту Севастополя, третья — во Владивостоке.

Дочерние компании «Лукойла» поставляют топливо Минобороны России, Черноморскому флоту, Росгвардии и оборонным предприятиям. C 2014 года «Лукойл» заключил с этими контрагентами контрактов минимум на 6 млрд рублей.